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Por lo general cuando desarrollo una aplicación usando Zend Framework esta es desplegada en servidores compartidos donde no es posible realizar una configuración de virtual host en Apache. por lo que utilizo una estructura diferente para la aplicacion

home
|-- [account]
    |-- zend_apps
    |    |-- mobile
    |        |-- application
    |        |-- docs
    |        |-- library
    |        `-- test
    `-- zf
    |   `-- library
    `-- public_html
        `-- mobile
            |-- css
            |-- img
            |-- js
            |-- index.php
            `-- .htaccess

de tal modo que las aplicaciones quedan dentro del directorio “zend_apps”, las librerías del framework en “zf” y los archivos que seran publicos(hojas de estilo, imagenes y javascript) en un folder dentro del directorio raiz del sitio o si se requiere en el mismo directorio raiz “public_html” y solo se modifica el index.php y el archivos .htaccess para corregir las rutas.

<?php
// file: index.php

$apps_path = getenv('ZendApps');  // applications path
$zf_libs = getenv('ZFpath'); // Zend Framework libs path

defined('APPLICATION_PATH')
|| define('APPLICATION_PATH', $apps_path . DIRECTORY_SEPARATOR . 'mobile/application');

// Define application environment
defined('APPLICATION_ENV')
|| define('APPLICATION_ENV', (getenv('APPLICATION_ENV') ? getenv('APPLICATION_ENV') : 'production'));

// Ensure library/ is on include_path
set_include_path(implode(PATH_SEPARATOR, array(
                                              realpath(APPLICATION_PATH . '/../library'),
                                              realpath($zf_libs . '/library'),
                                              get_include_path(),
                                         )));

/** Zend_Application */
require_once 'Zend/Application.php';

// Create application, bootstrap, and run
$application = new Zend_Application(
    APPLICATION_ENV,
        APPLICATION_PATH . '/configs/application.ini'
);
$application->bootstrap()
        ->run();

Para que los cambios funcionen es necesario agregar variables de entorno en el htaccess utilizando las directivas del modulo de Apache mod_env en el cual debe estar habilitado en el servidor y tendremos un htaccess como este:

# htaccess
SetEnv ZendApps "/home/username/zend_apps"
SetEnv ZFpath "/home/username/zf"
SetEnv APPLICATION_ENV "production"
RewriteEngine On
RewriteCond %{REQUEST_FILENAME} -s [OR]
RewriteCond %{REQUEST_FILENAME} -l [OR]
RewriteCond %{REQUEST_FILENAME} -d
RewriteRule ^.*$ - [NC,L]
RewriteRule ^.*$ index.php [NC,L]

con este cambio la aplicacion funcionara correctamente y no es necesario configurar un virtual host.